2009年，三峽大學整合水利、土木、生態學等優勢學科資源，申報獲批三峽庫區生態環境教育部工程研究中心，并于2013年通過教育部驗收。

中心立足三峽庫區，輻射全國水利水電工程。建立了2個省級國際科研平臺；加入了5個關于長江大保護的國家級、省部級平臺，為“長江經濟帶”、“長江大保護”和水庫高效運行提供科技支撐。形成了三峽庫區水污染控制與水華應急技術、三峽庫區庫岸防護與生態恢復技術和工程影響魚類保護與過壩技術3個特色方向，具有較強的團隊攻關能力和解決工程影響的生態環境問題能力。建成特色鮮明、國際上有影響、國內一流的水利水電影響下的生態環境工程研究中心。三峽庫區生態環境教育部工程研究中心以持續改善長江生態環境為目標，聚焦三峽水庫支流庫灣富營養化和水華問題、水庫消落帶生態恢復問題和大壩阻斷魚類洄游通道等突出環境問題，持續對長江大保護修復攻堅戰提供決策支持。